1、硅羟基的死吸附：硅胶粒子表面存在硅羟基，这些硅羟基会吸附样品和流动相中的很多物质，当吸附达到饱和时就会出现柱效下降、峰形劣化的现象。有些吸附是可逆的，可以通过清洗解决。
 

        2、重金属离子：重金属以金属氧化物的形式残存在硅胶离子的表面，这些金属氧化物很容易与其它化合物形成螯合物，使其被氧化，造成峰形劣化。
 

        3、缓冲液中盐的析出：当流动相中含有缓冲盐溶液，而且分析结束后，如果没有先用水进行冲洗，而是直接用纯有机相冲洗，瞬间柱子中的微环境是高有机相、低水相。这是流动相中的缓冲盐溶液极易5析出盐分，将柱子堵塞，使柱压升高，柱效下降。
 

        4、色谱柱变干：如果对色谱柱保存不当，使色谱柱中的保存液全部挥发，柱子内部变干，造成色谱柱的损伤，会影响分离效果。
 

        部分色谱柱故障可以通过适时、适当的清洗等到解决，恢复色谱柱的功能，延长色谱柱的使用寿命。
 

       具体的冲洗方法要根据实际情况做适当的选择和调整，不同的用户和色谱产品厂商对自己的色谱柱会有不尽相同的处理方法。新柱在使用前应先认真阅读说明书及性能测试报告，了解柱子的性能指标。分析用的流动相往往与柱子的保存试剂不同，故在分析样品之前，应使用合适的试剂将柱子中的保存试剂清洗出来。要注意清洗用的流动相与保存容积的相容性。
 

        正相柱或称极性色谱柱一般保存在正庚烷或正乙烷中。如果分析时的流动相含有极性溶剂，应使用乙醇或异丙醇冲洗，流速0.1-0.3ml/min，将保存液冲洗干净后，再用流动相平衡。
 

       钙柱等糖柱只能用纯水作流动相进行冲洗，有机溶剂会造成色谱柱损坏，尤其要注意。冲洗后可以记录色谱柱的一些性能指标，如柱效、柱压等，供以后参考。分析样品前，要用流动相对色谱柱进行平衡，待基线平稳后再进行分析。一般用流动相平衡的时间为30min，若系统中有盐或水，平衡时间应延长。